Završio je gimnaziju u Beogradu, a potom prirodno-matematički odsjek Velike škole. Kao gimnazijalac bio je član Srpskog pevačkog društva, a muzičko obrazovanje sticao u Minhenu, Rimu i Lajpcigu.

Po povratku u Beograd, Mokranjac je razvio mnogostranu muzičku djelatnost. Bio je horovođa Beogradskog pevačkog društva, koje je pod njegovim vođstvom steklo međunarodni ugled.

Mokranjčevo djelo smatra se najznačajnijom etapom u razvoju srpske nacionalne muzike u 19. vijeku.

Stevan Mokranjac bio je profesor i direktor Srpske muzičke škole, danas Muzičke škole “Mokranjac”, kao i pokretač Saveza pevačkih društava. Njegovom zaslugom osnovan je prvi gudački kvartet u Srbiji.

Godine 1906. izabran je za dopisnog člana Srpske kraljevske akademije /danas Srpske akademije nauka i umetnosti/.

Najpoznatija njegova djela su: “Rukoveti” /15 spletova pjesama zasnovanih na folklornim motivima iz različitih dijelova Srbije, BiH, Sjeverne Makedonije i Bugarske/, “Primorski napjevi”, duhoviti skerco “Kozar”, kao i muzika za pravoslavna bogosluženja.

Poznati su Mokranjčevi zapisi narodnih pjesama i igara sa melodijama iz Levča, kao i dvije značajne zbirke zapisa sa srpskim crkvenim napjevima “Osmoglasnik” i “Strano pjenije”.

U svom glavnom djelu “Rukoveti”, Mokranjac je stvorio specifičan oblik rapsodije, uobličavajući narodne pjesme iz naših krajeva, sa istančanim osjećajem za harmonska, melodijska i tekstualna obilježja.

Njegove duhovne kompozicije, inspirisane tradicionalnim pravoslavnim crkvenim napjevima, predstavljaju remek-djela srpske crkvene muzike.

Stevan Stojanović Mokranjac umro je 1914. godine.

Od 1965, svakog septembra tradicionalno se održavaju horske muzičke svečanosti “Mokranjčevi dani”.